Nueva denuncia: inocente y Reparacion Demorada

En 2003, Jackson fue acusado de haber abusado sexualmente de un menor de 14 años, siendo declarado inocente de todos los cargos el 13 de junio de 2005. Los fans y demás defensores del cantante se fueron convenciendo de que todos los pleitos y acusaciones referidos a abusos habían sido, en realidad, un cruel abuso sobre el propio Michael, para extraer indemnizaciones millonarias. Pero su imagen quedó tocada irremisiblemente.


Posiblemente para liberarse del acoso de la prensa y buscando un apoyo incondicional, Michael se trasladó a vivir a Bahréin, invitado por el príncipe Abdul Aha-Jamed, de quien luego se rumoreó que apoyaría al cantante en una reaparición (con nuevo álbum) que tardaba en llegar. En marzo de 2006 las autoridades estadounidenses ordenaron el cierre de su rancho Neverland. Oficialmente fue debido a atrasos en el pago de salarios debido a problemas burocráticos ya solucionados, aunque también en este caso se difundió la idea de que la policía buscaba pruebas de sus relaciones con menores.
Tras la caída de su popularidad, muchos expertos en música dieron a Jackson escasas posibilidades de recuperar su fama en Estados Unidos, ya debilitada desde el escándalo de 1993, pero Yves Gautier, autor de la biografía Michael Jackson, the other side of the Mirror ("Michael Jackson, el otro lado del espejo") afirmó que Jackson continuaba teniendo gran cantidad de admiradores en Oceanía, Europa, y Asia. En 2006 recibió un premio de MTV Japan por sus más de cien millones de discos vendidos en el país. Jackson contaba aún con un mercado potencial importante para una reaparición triunfal, de la que dudaban los medios anglosajones, pero que en el fondo anhelaban.
Hacia finales de la década se publicó un recopilatorio de sus mejores veinte singles y videoclips en formato Dual Disc en edición limitada, llamado Visionary - The Video Singles. También recibió el Premio Diamante en los World Music Awards (Londres), donde interpretó We are the world junto a un coro de jóvenes.
Con motivo del 25 aniversario de Thriller, el disco más vendido de la historia, el 11 de febrero de 2008 Michael publicó un nuevo trabajo, una edición especial que añadía seis canciones inéditas, vídeos y una actuación en directo. La obra salió al mercado bajo el título de Thriller: 25th Anniversary Edition, y contenía las nueve canciones del álbum original y seis temas inéditos: "The Girl is Mine 2008" con Will.i.am, "P.Y.T. (Pretty Young Thing) 2008" con Will.i.am, "Wanna be Startin' Something 2008" con Akon, "Beat it 2008" con Fergie de Black Eyed Peas, "Billie Jean 2008" una remezcla realizada por Kanye West, y una balada llamada "For all time", no editada en la versión original del álbum y mezclada nuevamente y masterizada por Michael Jackson. El DVD adicional incluyó los videoclips de Thriller, Beat it y Billie Jean; además de actuaciones en directo durante el especial Motown 25: Yesterday, Today, Forever de la NBC en 1983. La nueva edición ha vendido en todo el mundo más de 3 millones de copias.
En julio de 2008 comenzó a circular por Internet la canción "Hold my hand", una melodiosa balada soul o rhythm & blues, interpretada por Michael Jackson y Akon, que será incluida en el próximo álbum de Akon, aunque se especuló que podría aparecer también en un nuevo álbum de Jackson.
En honor a su cumpleaños número cincuenta, el 29 de agosto de 2008, Jackson publicó su álbum recopilatorio titulado King of pop en países como Australia, Austria, Bélgica, Alemania, Hong Kong, Hungría, Japón, Países Bajos, Filipinas y el Reino Unido, para posteriormente ser publicado también en Argentina, Brasil, Chile, México, Finlandia, Francia, Grecia, Italia, Polonia, Rusia, España, Suecia, Tailandia y Turquía. El recopilatorio King of pop contiene tanto las canciones de Jackson como solista y las de su etapa en The Jackson Five y The Jacksons, pero a diferencia de los anteriores, las canciones del álbum fueron elegidas por los fans, a través de una votación. Al igual que recopilatorios y reediciones anteriores, ésta buscaba seguramente recaudar dinero para las maltrechas finanzas del cantante.
Y tras múltiples rumores, el 5 de marzo de 2009, en un auditorio en Londres ante 20.000 fans, Michael Jackson anunció su regreso a los escenarios, con la gira This Is It (Esto es lo que hay), con diez conciertos a celebrarse en dicha ciudad en el O2 Arena en el mes de julio; los cuales, dijo, serían los últimos que daría en la capital inglesa. En ellos, según el promotor de la gira Randy Philips, habría nuevos sencillos del "rey del pop", ya que Michael había compuesto y grabado nuevas canciones, tal como se ha afirmado tras su muerte. La expectativa aumentó la demanda del público y se pretendían hacer hasta cincuenta presentaciones. Sin saberlo, aquel anuncio sería su última presentación ante los medios.